于是新上司又与他不和，将他参了下去。
宁远之战后，王之臣替代不援宁远和觉华岛而免职的高第，为辽东经略。与袁崇焕经营关宁锦防线。
在满桂的留任问题上，与袁崇焕发生争执。袁上奏请求遣其镇守其他城镇，于是满桂被召还北京。而王之臣极力反对，并请求朝廷命其镇守山海关。朝廷为了缓和各方矛盾，命令王之臣专守关内，而关外士兵将领皆由袁崇焕派遣。
之后袁崇焕被参，自悔，请求朝廷依照王之臣建言天启七年，袁崇焕罢官回乡。
再看一下参他的罪名“生情狡猾，擅纂礼仪，且沽清正之名，而暗结虎狼之属，致使地方多事，民命不堪”。
其余都已经说过，先解一下“暗结虎狼之属。”
十二支寓里有：彪拆虎字，寅字寓焉。寅位是东北，所以虎指东北的后金，暗结虎狼，就是与后金议和一事。
天启六年八月，努尔哈赤病死，袁崇焕派遣使者前往吊唁，以刺探虚实，皇太极遣使回报。袁崇焕想要和后金议和，于是自写书一封再次派遣使者前往。
冬十月，袁崇焕领刘应坤、纪用、赵率教等将巡视锦州、大小凌河等地，想要大兴屯田，恢复高第放弃的疆土，魏忠贤、刘应坤等人的子孙因此可以享受世代荫袭锦衣千户，袁崇焕从原来的锦衣千户进升为指挥佥事。
他于是上书：“辽东的败坏，虽然是人心不稳固，也因为失去了有形的险要，没有东西可用来坚固人心。
部队不利于野战，只有依凭坚固的城墙和使用大炮一种方法。如今山海关的四座城池已经修复一新，应当再修松山诸城，轮值的军队四万人，缺一不可。”皇上回书给袁崇焕答应了他的请求。
天启七年正月，皇太极同意了袁崇焕的请和，举兵渡鸭绿江征讨朝鲜。明廷觉得袁崇焕与王之臣不能相互协作，于是将王之臣召回，不再设立经略一职，关内外尽属袁崇焕管理。
袁崇焕想的是趁皇太极举兵朝鲜之际，派人修缮锦州、中左、大凌三城。而皇太极想的是乘议和之机，一举拿下东江镇和朝鲜，以解后顾之忧。
后来事实证明，皇太极实现了战略目的，而袁崇焕，既没能救援东江与朝鲜，也没能修好城墙。
朝鲜和毛文龙同时向明廷告急，明廷命袁崇焕前往救援。袁崇焕派遣水军增援毛文龙，又派左辅、赵率教、朱梅等人率领九千兵力逼近三岔河，只作牵制后金军的疑兵。
而朝鲜被击败倒向清廷，一起进攻毛文龙，却被毛文龙击败，后金军也被毛文龙击退，史称“丁卯之役”。
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