九月十五日己丑，御史冯三元列举了辽东经略熊廷弼八条无谋之过和三条欺君之罪。熊廷弼请求朝廷对他免职。杨涟上奏说：“对辽东经略的评价终究无法抹杀他的功劳，但同情辽东经略也不能掩盖他的过失。熊廷弼的功劳在于艰难支撑，使辽东暂时安宁了一年；过失在于面对长期衰颓的局面，无法振作，对实现全面稳固无良策可施。”二十二日，御史张修德建议将熊廷弼贬谪流放。熊廷弼上书请求朝廷审查其是否有守辽之功。
户部科道官员王继昌奉旨参与讨论，上奏说：“熊廷弼遭人诟病有三个方面，一是熊廷弼以粗暴谩骂下属的方式展示其威势和魄力，导致将帅们无法被有效调动，也就无法取得军事上的成功。二是最初未能充分利用辽东本地人的力量，而是过度依赖外来援兵，这些援兵又对辽地造成严重破坏，导致人心背离，失去了民众的支持。三是熊廷弼大规模调集全国各地的兵力，耗费了巨额财力，军队在行进过程中，对沿途驿站承受巨大压力，同时军队叛兵在逃亡过程中肆意劫掠、奸淫，给沿途百姓带来了深重灾难。”
熊廷弼请求免职的奏疏中写道：“辽东官军三路覆没，开原再次失陷，我仅率领几百疲弱士兵匆忙出关，到达杏山时又得知铁岭失守。那时，辽东士民认为辽东必亡，纷纷夺门逃走；文武官员认为辽东必亡，各自暗中准备马匹打算逃走；各道官员认为辽东必亡，派开原道韩善、分守道阎鸣泰等官员前往沈阳，他们均不愿前往，阎鸣泰甚至半路痛哭而返；辽西地区认为辽东必亡，计划加强海州三坌河防守，以固守广宁门户；关内地区认为辽东必亡，都不愿转运粮饷而留给自用；全国士民都认为辽东必亡，不愿发放军器火药，以免落入敌手；各级大小衙门认为辽东必亡，担心敌军直逼京师，日夜忙着转移家眷财物；朝廷内外官员都认为辽东必亡，要么主张固守京城门户山海关，要么提议戍守海州作为辽阳退路，戍守金伏作为山东防线。连敌人都认为辽东必亡，打算在此建都。当时人心惶惶，情况危急，危在旦夕，而如今辽东局势转危为安，地方安定，朝廷上下安然无事、安然自卧，这绝非前线不练兵、不部署、不安抚，只靠专注于打嘴仗、滥用刑罚的朝中大臣所能达成的。至于指责我统兵十余万却未能大胜或小胜敌军，未能杀敌擒酋，反而害民失地，遭敌人嘲笑，确实存在这样的遗憾。但说到杀敌擒酋之事，在当时的兵员将领条件下，实在不宜轻易谈及。之前因朝廷催战导致张承允牺牲、杨镐三路大军惨败，在这样的教训面前，我此刻怎敢轻率行事”等等。
于是熊廷弼交还印信，静候朝廷处分。熹宗皇帝命令解除熊廷弼的职务，让他返回原籍接受审查。十月十日，朝廷任命袁应泰为辽东经略。
熊廷弼在辩解奏疏中陈述：“去年秋天，辽阳以北各城人口逃散，如今在沈阳、奉集以南，不仅原本逃走的民众陆续回归，而且开原、铁岭、蒲河以南，每日聚集大量人口，各地商客也日益增多，这是当地人口情况。清河、抚顺、开原、铁岭、蒲伊汛等地均被敌军攻占，虽然尚未收复，但沈阳、奉集、宽叆、醮阳、长永、宽奠等地曾被弃守的城池、堡垒现已重新驻守，辽阳更不用说，这是当地城池状况。去年秋天，辽阳仅剩孱弱的骑兵四五千人、川兵一万人，沈阳驻军万余人，现今援兵、募兵总计达十三万，各堡开始屯兵，各城逐渐加强防御，这是当地兵马情况。自去年八月至今年九月，当地总共耗费白银二百三十一万余两，米豆一百余万石，不知大臣们奏疏中说的我‘一年虚耗八百万’从何而来，这是当地的钱粮情况。各类军器中，除上疏向内库及各边军索取的部分不计外，我制造的大炮中，重二百斤以上的数百门，八九十斤至百斤的数百门，百子炮上千门，三眼铳、鸟铳七千余支，此外还有盔甲、胸甲、臂盾、甲梁、战车、枪刀、弓箭，以及钢轮、火人、火马、火罐、钉獗、盾牌等，数量以千万计，这些是当地武器装备情况。每一项物资都是我大声疾呼、奋力争取所得，每一件事都是我废寝忘食、呕心沥血所办理，每一处防守区域都是我亲自踏勘、亲手规划。辽东地区各项事务复杂困难，有的疆臣几年都无法妥善处理，我一年之内就全部承担起来，身为臣子实属不易。近年来朝廷议论纷纷，全然不顾当地军中实际情况，仅凭塘报中敌情的缓急来论断。前年冬天至今年春天，敌军因冰雪将领而攻势稍缓，有人便哄然宣称敌军疲惫、财力匮乏，急催官军作战，战败后又哑口无言，不敢再提一个‘战’字。现在看到我刚将局面稳定下来，那些原本沉默的人又开始起哄，急切要求开战。这些人不过是个矮之人在现场观察，又看不清楚，只知道附和别人，没有一点真知灼见。至于当初启用李如柏、李如桢，裁撤巡抚、增设巡抚，起用赞画、阅科，讨论督护等事宜，无一不是朝廷言官们提出的建议，却没有一项见效。地方事务应当由地方官员处理，他们身处险境，性命攸关，又肩负重任，自然会尽心妥善处置，何必用一些空话、套话话干扰他们，一旦地方官与朝中大臣意见不合，他们又勃然大怒。如果今后朝中议论仍然如此不切实际，那么经略大臣将无法施展手脚。这是我对后继经略大臣、其他封疆大吏以及整个国家的忧虑。”
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